80'li yılların televizyon dizilerinde Benicio Del Toro, diziler de kısa rollerde bir veya iki bölüm olarak göründü. Çoğu zaman gangster (Miami Vice) veya uyuşturucu satıcısı (Drug Wars) rollerinde gözüktü. 1987 yılında Madonna'nın "La Isla Bonita" isimli video klibinde çok kısa olarak göründü. Bir süre sonra Big Top Pee-wee filmiyle ilk defa sinema filminde göründü ve ardından James Bond - Licence To Kill filminde Dario rolünde göründü. Ve 21 yaşında olmasıyla James Bond'un "en genç kötü adamı" olmayı başardı. Ardından gişede iyi bir başarı getiren The Indian Runner (1991), China Moon (1991), Christopher Columbus: The Discovery (1992), Money for Nothing (1993), Fearless (1993) ve Swimming with Sharks (1994) gibi filmlerde rol almaya başladı.
1995 yılında kendisinin The Usual Suspects filminde yaptığı başarılı performansdan sonra sinema dünyasına kendisine iyi bir yer edindi. Bu filmde canlandırdığı Fred Fenster karakteriyle ödüller aldı. Abel Ferrara'in The Funeral (1996) ve yakın arkadaşı Julian Schnabelnun yönettiği Basquiat filminde Benny Dalmau rolünde oynadı. Yine 1996 yılında Robert De Niro ve Wesley Snipes gibi isimlerin rol aldığı The Fan isimli gerilim filminde Bobby Rayburn (Snipes)'un numarasını giyindiği için aralarında rekabet olan beyzbolcu karizmatik Meksika'lı "Juan Primo" rolünde oynadı. Hatta 1995 yılında ilk defa yönetmenlik de yaptı. Juan Primo karakteri sayesinde NCLR Bravo ödülüne aday oldu.
Hunter S.Thopmsonun ünlü kitabından yola çıkarak çekilen Fear and Loathing in Las Vegas filminde eleştirmenler tarafından kötü yorumlar alarak, Del Toro bir röportajında onun kendi kariyerinde bir düşüş olduğunu söyledi. Del Toro gelen tepkilere çok üzülmüştü ancak film daha sonra kült filmler kategorisine girdi. İki yıl sonra 4 yüksek kaliteli filmle sinema dünyasına tekrar geri döndü, The Way of the Gun bunlardan ilkiydi, ve bu cinayet filminin senaristi The Usual Suspects filminin senaristi Christopher McQuarrie idi. İki ay sonra Steven Soderbergh'in Traffic isimli uyuşturucudan bahs eden suç filminde canlandığı polis "Javier Rodriguez" ile Akademi Ödülüne layik görüldü .Kendisi bu filmdeki başarısıyla tüm eleştirmenlerden iyi yorumlar alarak, Altın Küre ödülünede layik görüldü. Film ile En İyi Yardımcı Erkek Oyuncu Akademi Ödülü aldı fakat filmdeki repliklerinin birçok kısmı İspanyolcaydı. Filmin gişede getirdiği başarıdan sonra Benicio del Toro, Hollywood sinemasında kendisine büyük bir yer edindi. 2000 ve 2001 yılları arasında çıkan Guy Ritchie hiti Snatch filminde Dört Parmak lakaplı kumarbaz ve elmas hırsızı Franky rolünde göründü, filmde Dennis Ferina, Jason Statham, Vinnie Jones ve Brad Pitt gibi birçok ünlü ad rol almaktaydı. Daha sonra da eski arkadaşı Sean Penn'in yönettiği ve Jack Nicholson ile oynadığı The Pledge isimli polisiye filminde rol aldı.
Daha sonra People dergisi tarafından en güzel 50 insandan biri seçildi. 2003 yılında The Hunted ve 21 Grams filminde rol alarak, 21 Grams ile yine Akademi Ödülüne aday oldu. Daha sonra ise Sin City filminde de Jack "Jackie Boy" Rafferty rolünde göründü. En son Halle Berry ile Things We Lost in the Fire filminde oynadı.
The Hunted filminde Del Toro
2008 yılında 61. Cannes Film Festivali'nde Che Guevara'yı canlandırdığı Che filmi ile En İyi Erkek Oyuncu ödülünü almıştır.